Парадоксално, но размириците през ХІV в. поощрявали търговията - армията се нуждаела от доставки на храна, оръжие и пр. Възникват редица търговски съюзи, които разбира се плащали на влиятелни личности и организации срещу закрила. Установени били тесни връзки между търговците и манастирите - често пазарите се разполагали върху земя, собственост на религиозна организация. Търговците използвали покровителството на манастира, за да развиват и друга дейност - не съвсем законното лихварство. С централизирането на феодалната бюрокрация след 1600 г. ролята на търговските съюзи силно запада, а заедно с нея - и съсловието на привилегированите едри търговци. Още повече, че през цялото време данъчните, митнически и всякакви други такси непрекъснато се увеличавали и това никак не съдействало за развитието на търговските отношения. Засилвало се теглото и на селяните. Освен че влачели тегобите към господаря, те били нападани от болести, бедствия, глад. Към края на шогуната Муромати зачестили масовите бунтове. Бакуфу (правителството на шогуна) обявявало данъчна амнистия в особено кризисните моменти. Това показва колко слаба се чувствала централната власт. Страховете в столицата се подклаждали и от факта, че в размириците дейно участие вземали полуселяни-полувойни, които били готови да се присъединят към всеки конфликт. С времето броят им силно нараснал и много феодали с охота наемали такива бедни самураи – станало на сметка.
Множеството въстания довели до промени в социалната структура на обществото. Вместо вярност към главата на клана, хората били все по-склонни да показват преданост към главата на семейството. Клановете се разпадали и семействата, които ги съставлявали, все по-често влизали в сблъсъци помежду си.
Семейството вече не можело да разчита на закрила от клана. Ставало ясно, че е необходима консолидация на всички ресурси, за да може семейството да си извоюва авторитет, който автоматично се пренасял върху всичките му членове. Вече било неразумно да се разпилява натрупаното благо като се поделя между всичките деца - нали дъщерите ще отнесат своя дял в друго семейство. Няма как ролята на жените да не се промени рязко – щом са лишени от наследство, те нямат вече това значение като в миналите времена. Жената останала в подчинена позиция.
Но и синовете не са равнопоставени. Появява се обичаят на специфично японското първородство – не първородният, а най-благонадеждният син получава всичко. Останалите трябва да работят, за да увеличат богатството на наследника, защото това повишава обществената значимост на цялото семейство. Някой би казал, че подобна система превръща ненаследяващите синове в слуги, а дъщерите – в робини.
Ако няма момче, което притежава способностите да стане опора за всички, бащата ще осинови подходящ, най-често свързан с кръвно родство, юноша. Случвало се, осиновеният отдавна да не е юноша, дори да е забравил детските си години. Случвало се, осиновеният да е по-възрастен от осиновителя си.
Семействата се обръщали за защита към някой могъщ войн (например, губернатора). В групата от семейства, които били закриляни от този губернатор (сюго) влизали хора без родствени връзки. Длъжност на сюго била да осигури благоденствието на всички в рамките на владенията си. Затова никой глава на семейство нямал право да назначи наследник без благословията на господаря си - иначе току-виж, част от земята на някое семейство попадне в ръцете на семейство с друг покровител. Естествено, трябвало и браковете да бъдат строго контролирани.
Елементарни решения се вземали само след серия съгласувания и изчакване на разрешения. Единствената ситуация, в която човек имал свободата да прояви воля и съобразителност, останала битката, войната. Литературните съчинения се изпълнили с горестни размисли за изгубената хармония в света, за появата на безброй парвенюта, хора от нисшите класи, които си пробиват път с груба сила и безпардонност. Явлението получава името гекокуджо, което буквално означава „младшите вземат връх над старшите”. Много нови семейства разширили земите и влиянието си и започват битки помежду за установяване на надмощие. Кацумото Хосокава и Созен Ямана десет години (от 1467 до 1477 г.) разоряват столицата Киото и околностите й в битки помежду си и в надпревара кой пръв ще успее да постави централната власт под собствен контрол. Разкошните аристократични домове постепенно биват преустройвани в непрестъпни крепости за защита от непрекъснатите набези на противостоящите си войски и обикновени грабители.
Нито един от двата рода не успял в начинанието си. Но войната Онин между тях отворила възможност на всеки да си опита късмета. Звездата ту на едно, ту на друго семейство изгрявала, то ставало всемогъщо, управлявало хиляди съдби – и внезапно тази звезда залязвала, фамилията изчезвала от хрониките. Даже кланът Ашикава се разделил на две в спора за наследство и страните заели страна във войната Онин.
Впрочем, според шогуна размириците не били негова работа. Осмият шогун от рода Ашикага – Йошимаса, прекарвал времето си в четене на поезия и други културни занимания, както и в подготовка и строителство на Сребърния павилион, който трябвало да съперничи по великолепие на Златния. Впрочем, тъкмо Йошимаса забъркал кашата, дала повод за войната Онин. Понеже Йошимаса нямал деца, през 1464 г. осиновил по-малкия си брат Йошими и го обявил за наследник. Не щеш ли, на следващата година се родил Йошихиса – роден син на шогуна, и положението на Йошими станало доста неопределено. Родът Ямана се заел да защищава правата на Йошими, а Йошимаса намерил съюзници в рода Хосокава за желанието си да остави шогуната на малкия Йошихиса. Щом закрепил положението на сина си, Йошимаса се дезинтересирал от войната.
По-късно Йошимаса забърква и други каши около наследството си – след като Йошихиса поотрасва, баща му се оттегля от властта и се замонашва. Но младият шогун загива на бойното поле. Йошихаса се връща на престола и отново осиновява роднини, за да се подсигури с наследник. Отначало осиновява Йошитане (син на Йошими), който управлява от 1490 до 1493 г.; после – Йошизуми (син на друг брат – Масатомо), управлявал между 1493 и 1508 г. След смъртта на Йошизуми юздите на управлението пак попадат в ръцете на Йошитане и той ги държи до 1521 г.
Безкрайните спорове за властта, загубването на контрола върху провинциите, развитието на търговията, което води до замогването на местните първенци и до увеличаване на апетитите им към по-голямо влияние – тия са факторите, обуславящи продължителността на размирните години, така наречения период Сенгоку, започнал с войната Онин и продължил чак до началото на ХVІІ в.
Въпреки това управлението на Йошимаса Ашикага е забележително. Макар че Сребърният павилион (Гинкакуджи) не бил завършен според плана (не бил облицован със сребърни пластини по причина на избухналата война Онин), той останал като образец за архитектурната мисъл по онова време. Сградата е въплъщение на ваби-саби естетиката, търсеща красота в простотата. Смисълът на ваби-саби се заключава в идеята, че само познавачът, тънкият ценител е способен да види красотата, внимателно скрита в обекта, външно неблестящ с нищо. Такива били естетическите възгледи на културата Хагашияма, възникнала по времето на шогуна Йошимаса Ашикага. Част от тази култура са чайната церемония, икебана, изкуството на японската градина, театъра Но, японската школа на Кано в стила суми-йо (рисунки с туш).
Първоначално Сребърният павилион бил предназначен за извършване на чайна церемония, но след като през 1485 г. Йошимаса решава да отстъпи правомощията си на своя син Йошихаса и да се оттегли в дзен-манастир, павилионът става част от храмов комплекс и бива наречен Джишоджи. Смята се, че от тази постройка тръгва традицията на задължително изграждане на токонома в японския дом. Токонома е своеобразен алков или ниша, в която се окачва гравюра, калиграфски изпълнен надпис или специално подредена икебана, понякога – само благовония. В съответствие с ваби-саби естетиката се смята за неприлично да се парадира с умението да се аранжира таконома, затова гостът винаги се настанява с гръб към нишата.
Но периодът Сенгоку има решаващо значение не само за културата на Япония. Изследователите на политическата история го свързват преди всичко с възхода на трима даймьо, изключителни личности, чиято съдба се преплита трагично, но и тримата оставят отпечатъка си върху по-нататъшното развитие на Япония, позиционирало я като уникална държава. Става дума за Нобунага Ода, Хидейоши Тойотоми и Иеясу Токугава. Нобунага бил роден в семейството на дребен военачалник, Хидейоши е син на простосмъртен селянин и само Иеясу произхождал от род от клана Минамото. Всеки от тях притежавал забележителни личностни качества, а съюзът им станал ключов момент в японската история. Едно популярно стихотворение в стила сенрю (нещо като хайку, но с хумористично съдържание и без задължителното наблюдение на природата) описва решителността и жестокостта на Нобунага, дипломатичността на Хидейоши и упоритото преследване на целта от Иеясу по следния начин:
Нобунага: „Ако кукувицата не кука, убийте я”;
Хидейоши: „Ако кукувицата не кука, придумайте я да закука”;
Иеясу: „Ако кукувицата не кука, чакайте докато закука”.